Bercerita tiga tahun setelah mengalahkan Mechagodzilla, Kong telah mendirikan wilayah barunya di bumi berongga dan mencari lebih banyak wilayah serupa. Di permukaan bumi, Godzilla terus menjaga ketertiban antar manusia dan monster raksasa, yang dikenal sebagai "Raksasa" — membunuh Scylla di Roma dan beristirahat di Colosseum. Pos observasi Monarch yang ditempatkan di bumi berongga menerima sinyal tak dikenal. Di permukaan, sinyal tersebut menyebabkan Jia, orang terakhir yang selamat dari suku Iwi dari Pulau Tengkorak, mengalami halusinasi dan penglihatan, menyebabkan ibu angkatnya dan pakar Kong, Dr. Ilene Andrews, khawatir. Juga merasakan sinyal tersebut, Godzilla meninggalkan Roma dan menyerang pembangkit listrik tenaga nuklir di Perancis untuk menyerap radiasi. Dia kemudian menuju ke sarang Raksasa Tiamat di Arktik. Monarch yakin Godzilla sedang memperkuat dirinya untuk menghadapi ancaman yang akan datang.